组合贷款不可以分开计算年限。在申请组合贷款的时候，商贷借款期限和公积金贷款期限需要保持一致。比如说商贷期限是30年，那么公积金贷款期限也需得是30年，不能是20年、10年等。在申请以后由同一银行进行审批拨款，用户的组合贷还款日期也是在同一天。而在利率方面，商贷利率是在LPR报价的基础上进行变动的，而公积金贷款5年期是3.25%。
在还款期间，用户的公积金账户里面的余额是可以用来偿还商贷的，也就是说可以进行进行公积金对冲。如果是选择年冲的话，可以到期一次性进行抵扣；如果选择的是月冲的话，账户金额可以优先抵扣掉公积金还款部分，剩余的额度可以抵扣商贷部分，如果有额度不足的情况，用户就需要自行将余额存入等待银行扣款，没有及时存入是会导致房贷还款逾期的。