公积金贷款不扣公积金的原因是申请公积金贷款时，需要用公积金账户内的余额计算公积金贷款额度即存贷挂钩。后续，公积金贷款申请成功后，或者用户成功申请了商业贷款，用户办理了公积金冲还贷业务，公积金账户内的余额就可以用于归还房贷。
用户在申请公积金贷款期间，银行或者住房公积金中心不会扣除公积金账户内的余额，同时也建议用户在这期间不要提取公积金。等公积金贷款审核通过以后，用户再提取公积金，这时候公积金账户的余额就不会影响公积金贷款额度。
需要注意的是，公积金冲还贷业务分为年冲和月冲，如果是年冲，那就是一次性冲抵贷款本金，月冲则是每月按时从公积金账户里扣取相应金额冲抵当月应还本息。如果用户公积金账户里的余额不足，那么是没办法进行对冲还贷的。