商家收花呗要手续费。用户通过花呗进行付款是要收取手续费的，这个手续费通常是由收款方进行支付，也就是由商家进行支付，顾客是不需要进行支付的。目前支付宝花呗收款手续费的标准是：线下商家通过花呗收款的，按每笔交易金额的0.8%进行收取；淘宝卖家开通了花呗收钱服务，每笔交易将按照成交金额的1%向商家收取服务费；天猫卖家开通了花呗收钱服务，每笔交易将按照成交金额的0.8%向商家收取服务费。
比如商家通过花呗收了一笔100的款项，那么线下商家和淘宝卖家所要支付的手续费是8毛；淘宝卖家所要支付的手续费是1块。
但是支付宝花呗现阶段推出了花呗收款手续费优惠活动，截止2022年8月30号之前，单笔交易金额不超过150可以免收手续费，超过的每笔按0.6%的费率进行收取。