支付宝和微信信用卡还款的手续费是不一样的。支付宝每月有2000元免费还款额度，超过2000的部分，按照超过部分的0.1%收取，单笔收费最低为0.1元。而微信还款是没有免费还款额度，微信对每笔信用卡还款按照0.1%收费，最低收费为0.1元。
因此，对于用户来说，支付宝还信用卡支出的手续费会要少一些，因为支付宝有2000元的免费额度。
参考资料：https://help.alipay.com/lab/help_detail.htm?help_id=212230
https://kf.qq.com/touch/sappfaq/171106YfYBNN171106zERfUV.html