用户的贷款逾期三年，向贷款机构申请协商还款，可以申请只归还贷款本金，但是贷款机构是否同意用户只归还本金，要以贷款机构的答复为准。一般来说，贷款申请协商还款，贷款机构会减免部分逾期利息，但是贷款本金与贷款利息，通常会要求用户归还。
因此，协商只归还本金成功的概率非常低，如果贷款机构拒绝用户只归还本金，用户可以再尝试申请减免部分利息、逾期利息，这样也能降低还款的压力。贷款机构如果直接减免贷款利息、逾期利息，那么用户就只需要归还贷款本金，还清欠款后，逾期记录在5年以后会自动删除。
至于用户没有还清逾期的欠款，或者没有按照贷款机构的要求还款，则逾期记录会一直保留。逾期记录一直保留，会导致个人征信不良。